La Estanzuela nace en el año 1914, con los cometidos principales de avanzar en el mejoramiento de cultivos y la producción de semillas básicas.
 
Los primeros trabajos se concentran en el mejoramiento del trigo, dada la deficiencia productiva nacional y la importancia del cultivo para una población con tradicional apego al pan. Los trabajos de selección genética, destacan que variedades locales adaptadas superan el desempeño de selecciones extranjeras. En 1918 se liberan las primeras variedades uruguayas de trigo (Americano 25c, Americano 25e, Americano 26n, Americano 44d y Pelón 33c).

 

Bajo la dirección de su fundador, el Dr. Alberto Boerger, líder de la investigación agropecuaria nacional, se realizan importantes trabajos experimentales, que por su alcance tienen repercusión internacional.

A comienzo de los años 60, se reorganizan y amplían sus cometidos, expandiendo los trabajos en el área de producción vegetal y dando comienzo a los de producción animal, cambiando su denominación a  Centro de Investigaciones Agrícolas Alberto Boerger,  en honor su fundador y primer director.

En 1990,  La Estanzuela queda formalmente integrada al Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria, adoptando la denominación actual de INIA La Estanzuela, Estación Experimental “Dr. Alberto Boerger”.