INIA La Estanzuela, al igual que las demás Estaciones Experimentales de INIA, cuenta con un Consejo Asesor Regional (CAR) cuyos cometidos están definidos en la Ley de creación del Instituto:
"Los CAR serán órganos de apoyo, consulta y asesoramiento de las Direcciones Regionales. Como tales, les corresponderá colaborar con el Director Regional para establecer las bases del plan regional, promover acciones de interés zonal o local y coadyuvar en la búsqueda de recursos adicionales".
