En el norte país casi 6.000.000 de bovinos se encuentran en la zona de riesgo a la garrapata común del ganado (Rhipicephalus microplus) y enfermedades asociadas como la Tristeza Bovina (TB). Además a nivel regional se han detectado otros patógenos en bovinos transmitidos por vectores como Trypanosoma vivax, Ehrlichia minasensis y Borrelia theileri causantes del Síndrome Febril Bovino (SFB). Actualmente cambios productivos, socioeconómicos y climáticos ponen en riesgo el ingreso de estas enfermedades transfronterizas de transmisión vectorial de importancia productiva. A excepción de los agentes de la TB, el conocimiento epidemiológico en nuestro país del resto de los agentes es prácticamente nulo. Es por ello que se debe incrementar la vigilancia epidemiológica a través de un tamizaje mediante técnicas moleculares como PCR para tener una idea del estado de situación. Así mismo, se desarrollarán y pondrán a punto nuevos protocolos de detección de patógenos mediante qPCR, lo que permitirá una mayor precisión diagnóstica (sensibilidad y especificidad) para la vigilancia epidemiológica de estas enfermedades. Rhipicephalus microplus es el principal transmisor de la TB en el país y su control se ha visto afectado por el desarrollo de resistencia a 5 de los 6 principios activos de acaricidas habilitados para el control por diferentes factores. En base a marcadores moleculares se han identificado poblaciones resistentes a piretroides sintéticos y fipronil. Sin embargo, hasta el momento no se ha realizado un estudio molecular a gran escala analizando polimorfismos nucleotídicos simples (SNPs), que permita evaluar la variabilidad y divergencia genética de las poblaciones de R. microplus en Uruguay. Un estudio de este tipo permitiría además de evaluar la estructura genética y geográfica de las poblaciones de R. microplus, establecer la relación entre las poblaciones resistentes o multirresistentes de diferentes localidades o departamentos.