El reconocimiento del microbioma vegetal como un participante fundamental en la evolución y adaptación de las plantas tiene un correlato en los cultivos y la productividad agrícola, y genera una oportunidad para la investigación y desarrollo de tecnologías que buscan potenciar a los microorganismos como un recurso genético de múltiples aplicaciones en la nutrición y sanidad de las plantas. Este programa de investigación integra diferentes enfoques y disciplinas con el objetivo de obtener información básica sobre la comunidad de microorganismos asociada a los cultivos y al suelo, su funcionalidad e interacción con las plantas e insectos, la selección y desarrollo de cepas o sus metabolitos hasta el nivel de prototipo y la evaluación de su aplicación en sistemas productivos. El programa se organiza en proyectos que se encuentran interconectados por flujos de trabajo (cepas) y/o flujos de información que contribuyen al resultado general esperado. A su vez, los proyectos dan continuidad a trabajos ya iniciados, comprenden un proyecto INNOVAGRO en evaluación, y cuentan con la participación de un sólido equipo de investigadores de INIA, UdelaR y otras instituciones de investigación nacionales e internacionales, estudiantes de posgrado y un posdoctorado.