RESUMEN. La disponibilidad de paneles de genotipado masivo de nucleótidos de polimorfismo simple (SNP) permitió la caracterización de la estructura de la población de ovinos Criollos localizada en el Parque Nacional de San Miguel, de la cual no se cuenta con información genealógica. El objetivo fue calcular el parentesco y la consanguinidad molecular de 174 ovinos Criollos en base al genotipado con paneles de 606 mil SNP. Las estimaciones se realizaron utilizando el software GoldenHelix SNP & Variation Suite (SVS). Del total de las muestras genotipadas, 158 muestras y 562.294 SNP cumplieron los criterios de calidad establecidos. El promedio de los coeficientes de parentesco y consanguinidad molecular fueron de 0,759 ± 0,013 y 0,755 ± 0.015, respectivamente. Esta información es relevante para la evaluación del riesgo de extinción y el diseño del programa de conservación.