Las actividades de este laboratorio se iniciaron en 1992 con el ingreso de las primeras accesiones de Eucalyptus grandis seleccionadas localmente y  la adquisición de lotes de semillas de diferentes especies del género Eucalyptus al centro de semillas forestales del CSIRO en Australia.

Paralelamente a los avances en los programas de mejora genética, las especies forestales y las accesiones ingresadas al banco, aumentaron de manera sostenida. Hasta la fecha, se ha consolidado un banco de germoplasma activo con más de 3.000 accesiones de diferentes especies de los géneros Eucalyptus, Pinus, Carya, Prosopis, Castanea, Juglans y Quillaja, con actividades estrechamente relacionadas al desarrollo de programas de mejoramiento genético. Este acervo sustenta acciones varias de intercambio de germoplasma con instituciones nacionales e internacionales.

El laboratorio cuenta con equipos que, además de asegurar la conservación de germoplasma,  permiten la realización de ensayos periódicos de viabilidad de semilla y de germinación. Este equipamiento fue suministrado por la cooperación técnica de JICA,  en el marco del proyecto de cooperación técnica en mejoramiento genético de especies forestales de rápido crecimiento, y a través de inversiones propias de la institución.

El banco de germoplasma es una excelente herramienta para la realización de diferentes tipos de actividades de difusión y transferencia de tecnología. Entre estas actividades, subrayamos, en particular, la realización de cursos sobre la colecta, manejo y conservación de semillas forestales, que han gozado de una muy buena aceptación de diferentes actores del sector forestal.