El suelo desde un punto de vista biológico es uno de los ecosistemas más complejos de la naturaleza conteniendo diferentes comunidades microbianas que interactúan e intervienen en los ciclos globales haciendo posible toda forma de vida. La metagenómica tiene el potencial de responder algunas preguntas fundamentales de ecología microbiana y es especialmente útil para estudios de suelos. Entre los ecosistemas de la tierra, los suelos presentan la mayor diversidad microbiológica, estimándose de 5.000 a 10.000 especies de microorganismos por gramo de suelo.

La biota del suelo incluye también las raíces que crecen en él e interactúan con otras especies sobre y bajo tierra. La disponibilidad de fósforo inorgánico (la única forma de P directamente accesible para las plantas) está influenciado por las propiedades biogeoquímicas del suelo y es limitante de producción de cerca del 70% de los suelos del mundo. Solo del 20-30% del P aplicado como fertilizante es empleado por las plantas y se estima que la reserva mundial de roca fosfórica se agote en los próximos 70-200 años. Mejorar la adquisición de P y el uso eficiente por las plantas es un desafío complejo que involucra la integración de conocimiento interdisciplinario. Los microorganismos del suelo son una parte integral del ciclo del fósforo y por lo tanto juegan un rol importante mediando la fitodisponibilidad de este elemento. El desarrollo de biofertilizantes de base microbiana representa una alternativa tecnológica para aumentar los niveles de fósforo disponible en el suelo y mejorar la nutrición fosfatada en los sistemas de producción